algoritmontology

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  1. https://translate.google.it/translate_un?depth=1&hl=it&prev=search&rurl=translate.google.it&sl=en&sp=nmt4&u=http://www.dalkescientific.com/writings/diary/archive/2010/11/13/ontologies_and_algorithms.html&lang=en&usg=ALkJrhi0qbdQSN-faTdagu1cDrZishf3uA
       
    ontologies_and_algorithmOntologiAlgorithmontologie di algoritmontologiAlgorithm algorithm”, do they mean the 1976 paper or the 1978 paper? Così, quando qualcuno dice “l’algoritmo Kabsch”, cosa significano la carta 1976 o l’articolo del 1978? Until I updated the Wikipedia page, there was no mention of the 1978 correction, and the Indigo example lends strength to my argument that people consider the 1976 paper as being “the reference” but the implementations include the 1978 correction. Fino a quando ho aggiornato la pagina di Wikipedia, non vi era alcuna menzione della correzione 1978 e l’esempio Indigo presta forza per la mia tesi che le persone considerano la carta 1976 come “riferimento”, ma le implementazioni includono la correzione 1978.You can easily see how different variations (what if the correction fixed a minor point? and was written by someone else?) might make things more complex. Si può facilmente vedere come le diverse variazioni (quello che se la correzione fissato un punto minore? Ed è stato scritto da qualcun altro?) Potrebbe rendere le cose più complesse. I recall learning some math theorem which goes by 3 letters (the surname initials of the 3 main developers) in every country except England, where an Englishman is the 4th name. Ricordo di imparare un po ‘il teorema di matematica che va da 3 lettere (le iniziali cognome del 3 sviluppatori principali) in tutti i paesi, tranne l’Inghilterra, dove un inglese è il 4 ° nome. But these are hypotheticals and I wanted to stay in the concrete. Ma questi sono ipotetiche e volevo rimanere nel calcestruzzo.

    Which algorithms are relevant? Quali algoritmi sono rilevanti?

    If someone uses Python’s string.find() as part of a text search, should they reference its ” BMHBNFS ” algorithm? Se qualcuno utilizza string.find di Python () come parte di una ricerca, dovrebbero fare riferimento la sua ” BMHBNFS algoritmo”? If someone does a Tanimoto similarity, should they reference HAKMEM 169 or how does one refer to the similar method of Anderson , with bug fixes and improvements by others? Se qualcuno fa una similitudine Tanimoto, dovrebbero fare riferimento HAKMEM 169 o come si fa a fare riferimento al metodo simile di Anderson , con correzioni di bug e miglioramenti da parte di altri?

    (For a bioinformatics example, if one does a pairwise sequence alignment, does one quote say it’s Needleman-Wunsch algorithm with its O(n*m) time and space or Hirschberg’s algorithm at O(n*m) time but only O(min(n, m)) memory. Wikipedia calls the latter a divide and conquer version of the Needleman-Wunsch algorithm . Both algorithms give the same answer, but one is more tractable.) (Per un esempio di bioinformatica, se si fa un allineamento di sequenze a coppie, non una citazione dire che è l’algoritmo di Needleman-Wunsch con la O (n * m) tempo e spazio o algoritmo di Hirschberg a O (n * m) tempo, ma solo O (min (n, m)) di memoria. Wikipedia chiama quest’ultimo un divide et impera versione dell’algoritmo Needleman-Wunsch . Entrambi gli algoritmi danno la stessa risposta, ma è più trattabile.)

    I point to these because they are efficiency improvements, either in space or time. Io punto a questi perché sono miglioramenti di efficienza, sia in spazio o nel tempo. Are those factors which go into the decision of how to reference an algorithm? Sono quei fattori che vanno nella decisione di come fare riferimento a un algoritmo? Should one include all of the performance tweaks that goes into a piece of code? Se uno includere tutti i tweaks di prestazioni che va in un pezzo di codice? What about the unpublished ones? Che dire di quelli inediti? The answer is, of course, “sometimes.” La risposta è, ovviamente, “a volte.” Let me know when you figure out an objective way to decide which algorithms to list. Fammi sapere quando a capire un modo oggettivo per decidere quali algoritmi per elencare.

    How does an ontology try to capture this? Come fa un’ontologia cercare di catturare questo? If the ontology is complex enough to handle this, is it still easy enough for the simple cases? Se l’ontologia è abbastanza complessa per gestire questa situazione, è ancora abbastanza facile per i casi più semplici? Once there’s an agreed upon ontology for this, will there be a new special case which doesn’t fit into the existing ontology? Una volta che c’è un concordato su un’ontologia per questo, ci sarà un nuovo caso speciale che non rientra nel l’ontologia esistente?

    I don’t know, and I don’t care enough to work on the ontologies. Non lo so, e non mi interessa abbastanza per lavorare sulle ontologie. I prefer at best well-defined (and nearly non-hierarchical) controlled vocabularies along with enough background information so that people can figure out how the bits and pieces go together. Io preferisco nella migliore delle ipotesi ben definite (e quasi non gerarchica) vocabolari controllati insieme con abbastanza informazioni di base in modo che la gente possa capire come i bit e pezzi vanno insieme.

    Comments? Commenti?

    (PS There really is no strong point or conclusion to this post. It’s details that Janna asked me to post so it would be externally referenceable as part of their ontology discussion.) (PS c’è davvero nessun punto forte o conclusione di questo post. E ‘particolari che Janna mi ha chiesto di inviare quindi sarebbe esternamente referenziabile come parte della loro discussione ontologia.)

    spazio.